东兴市环境保护局内设有秘书股和综合管理股，行政编制3名，后勤服务事业编制1名。其中：局长1名，副局长２名。目前局实有人数6人，有2人没有编制。下设有环境监察大队和环境监测站两个二层机构，环境监察大队人员编制4人，实有人数4人；环境监测站人员编制4人，实有人数4人。