市水产畜牧兽医局设3个内设机构。

　　综合股

　　协助局领导处理日常工作，协调机关政务工作；负责起草局综合性材料、重要报告和文件；承办局综合性会议、文秘、政务信息、新闻宣传、保密、信访、档案、督查督办等工作；负责机关基础设施建设、环境秩序、固定资产的管理和后勤服务规划等工作；制定局机关有关规章制度并组织实施。

　　渔业股

　　负责指导渔业生产结构和布局调整；负责拟订渔业中长期发展规划和年度计划，并组织实施；负责水产养殖原良种体系建设计划的组织实施；指导实施水产种苗生产许可证制度；承办水产种苗生产许可证的核发；负责本行政区水生动物病害防治体系建设；负责指导水生动物病害防治、防疫检疫和水产品质量安全监督管理；负责无公害标准化渔业生产的试验示范和推广引导；负责渔业行业专业人员技术培训工作。

　　畜牧兽医股

　　负责拟订畜牧业、草业和饲料工业中长期发展规划及年度发展计划，经批准后组织实施；指导畜牧业、草业、饲料工业产业结构、品种结构和布局调整；负责组织畜禽遗传资源、牧草资源和饲料资源的调查、保护与管理工作；负责饲料产品质量安全管理工作；负责草地资源保护和草地生态治理工作；指导畜牧业养殖方式转变。

　　负责制定动物疫病防治、动物及动物产品检验检疫、监督执法、动物产品安全监管等方面的工作规划、计划、措施、制度并组织实施；负责拟定区突发重大动物疫情应急预案及各种重大动物疫病应急预案，协助组织实施突发重大动物疫情的应急处置工作；负责动物疫情的管理，组织开展动物疫情的监测、报告、调查、分析和评估，提出预警措施和建议；监督、指导动物疫病预防控制机构开展工作；负责动物、动物产品检疫、出证等工作；负责饲养、生产、加工、储藏、流通等环节动物及动物产品的卫生监督管理工作；负责动物产品质量安全监督管理工作；负责官方兽医、执业兽医及其他兽医从业人员的相关管理工作；拟定动物及动物产品兽药残留监控计划并组织实施；负责畜牧兽医专业人员技术培训工作。